✒️くま研究日誌：同じ分子なのに、世界が変わった日

30 Apr, 2026

今日はちょっとした事件がありました。

同じ分子（NADH）を、同じタンパク質（VDAC1）に入れて、
同じようにシミュレーションを回したのに──\

結果が、はっきり変わったんです。

原因は何か？

👉 計算に使っている「物理モデル」が更新されたから。

分子シミュレーションでは、
原子どうしがどう引き合うか、どれくらい反発するかを
あらかじめ決めたルールで計算します。

これを「力場（フォースフィールド）」と呼びます。

今回、その力場の新しいバージョンを使ってみました。

するとどうなったか？

👉 NADHがタンパク質に与える影響が、前より強くなった。

これ、すごく不思議に見えますよね。

分子は同じなのに、
“世界のルール”を変えたら、
ふるまいが変わった。

でもよく考えると当然でもあります。

分子シミュレーションは、
現実そのものではなく、
「現実を再現しようとしたモデル」です。

そのモデルが変われば、
見える世界も変わる。

今回のNADHは、
とてもクセのある分子です。

つまり、
👉「どのくらい引き合うか」の設定にすごく敏感

だから、力場の更新で

👉「この分子はもっと強く効いているはずだ」

という補正が入ると、
結果もはっきり変わる。

ここで一番大事なこと。

👉 「どの結果が正しいか？」ではなく

👉 「同じルールで比較できているか？」

です。

今回の教訓はこれでした。

古いルールで見た世界と、
新しいルールで見た世界は、
そのまま比べてはいけない。

一見、地味な話ですが、
実はここが研究の一番大変なところです。

だけでは終わらない。

👉「その結果を信じていいか？」を、ずっと問い続ける

今回のNADHの結果は、
「少し違った」ではなく、

👉「物差しそのものが変わった」

というタイプの変化でした。

なので、これまでの結果は一度横に置いて、

👉 同じ新しいルールで、全部やり直し

です。

遠回りに見えますが、
こういうところで手を抜くと、
あとで全部崩れます。

くまは今日もやり直しです🐻