✒️ 🦠 ロングコロナの重症度は「口と肺の細菌」で決まる

13 Nov, 2026

コロナが治った後も息切れや疲労が続く人と、すっかり回復する人の違いはどこにあるのか。イギリスのPHOSP-COVID研究チームが、退院後6ヶ月の時点で口と痰の細菌叢を調べた。結果は意外だった。症状が最も重い人たちの気道では、健康な時に「良い細菌」とされる乳酸菌が「主役の座」を乗っ取っていた。しかもその乳酸菌は、血中の炎症タンパク質と強く相関していた。「良い菌」が「炎症の菌」に変わる現象が起きていた。

🔬 何をしたか

• イギリスのPHOSP-COVID研究：83のNHS病院に入院したコロナ患者を退院後に追跡する前向きコホート研究
• 退院後6ヶ月時点で以下を採取：
  • 口腔洗浄液（口をゆいだ液）：771人分
  • 自然喀痰（自分が出せる痰）：327人分
• 16S rRNA遺伝子配列解析で細菌叢のプロファイルを作成
• 患者を4つの重症度クラスターに分類：
  • 軽度（42.7%が完全回復と回答）
  • 中等度/認知型（36.4%が完全回復）
  • 重症（7.0%が完全回復）
  • 非常に重症（2.7%が完全回復）
• さらに5つの症状サブグループに分類：
  • 消化器症状、心肺症状、疲労、神経認知症状、メンタルヘルス
• 血漿中の炎症関連タンパク質（Olinkパネル）も測定
• 細菌叢と炎症の相関を分析
• 共起ネットワーク解析で「キーストーン分類群」（生態系の安定性を支える重要な細菌）を特定

🎯 何が分かったか

① 非常に重症な人ほど口の細菌の多様性が低かった

• 口腔細菌叢の多様性（Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数）はすべて「非常に重症」群で有意に低かった
• つまり「症状が重いほど、口の中の細菌の種類が減り、特定の細菌が幅を利かせている」
• 細菌叢の組成も重症度クラスター間で有意に異なっていた

② 痰の細菌も同じ傾向だった

• 痰の細菌叢でも「非常に重症」群で多様性が有意に低下
• ただし組成の差は統計的に有意ではなかった（サンプルが少ない可能性）

③ 「良い菌」が減り、別の菌が増えていた

• 重症度が上がるにつれて減った菌：
  • Prevotella（プレボテラ）——口の常在菌
  • Neisseria（ナイセリア）——口の常在菌
  • Haemophilus（ヘモフィルス）——口の常在菌
  • Fusobacterium（フゾバクテリウム）——口の常在菌
• 重症度が上がるにつれて増えた菌：
  • Streptococcus（レンサ球菌）——口の常在菌
  • Rothia（ロチア）——口の常在菌
  • Veillonella（ベイロネラ）——口の常在菌
  • Limosilactobacillus（乳酸菌の一種）

④ キーストーン菌が「裏切った」

• 軽度群のキーストーン菌（生態系の安定を支える主役）：
  • 口：VeillonellaとStreptococcus——「普通の口の細菌」
  • 痰：Actinomyces、Prevotella、Streptococcus——「普通の気道の細菌」
• 非常に重症群のキーストーン菌：
  • 口：Rothia、Lactobacillus、Limosilactobacillus——乳酸菌が主役に
  • 痰：Streptococcus（残ったが）、Rothia、Bifidobacterium、Limosilactobacillus——本来は腸にいるはずの乳酸菌が主役に
• つまり「健康な気道の細菌群」が「乳酸菌中心の細菌群」に置き換わっていた

⑤ その乳酸菌は血中の炎症と結びついていた

• 痰のStreptococcusの量は、20種類の炎症タンパク質と正の相関があった
  • CSF1（マクロファージを増やす合図）
  • IL-17D、IL-17C（組織損傷に関与）
  • IL-33（アラーミン＝細胞の危険信号）
  • CCL21、CCL25（免疫細胞を呼び寄せる合図）
  • TGFA（肺線維化に関連する成長因子）
  • TNFRSF11B（神経炎症と関連）
  • その他13種類
• 口のLactobacillusの量は血中IL-17Aと相関
• これらのタンパク質は「白血球の遊走」「IL-6の活性化」「抗菌反応」の経路に過剰に現れていた
• つまり「気道の細菌叢の変化」と「全身の炎症」がリンクしていた

⑥ 症状のタイプ別に細菌叢が違った

• 神経認知症状がある人：口の細菌叢の多様性が低く、組成が異なっていた
• 消化器症状がある人：痰の細菌叢の多様性が低く、組成が異なっていた
• 消化器症状がある人の痰では、キーストーン菌が「腸にいるはずの乳酸菌」に置き換わっていた
• これは「腸-肺軸」——腸の細菌が肺に迷い込む現象——を示唆する

⑦ 肺機能が低い人ほど口の細菌叢が変わっていた

• FEV1（1秒量）が80%未満の人：口の細菌の多様性が低く、組成が異なっていた
• FVC（肺活量）が80%未満の人も同様
• つまり「肺の機能が落ちている人ほど、口の細菌叢も変わっている」

💡 何を意味するか

• 「良い菌」が「炎の菌」に変わる現象

  • 乳酸菌は普段はヨーグルトや腸内環境で「良い菌」とされる
  • しかし気道で異常増殖すると、炎症を煽る側に回る可能性
  • 乳酸菌は通性嫌気性菌で酸素が少ない環境を好む——炎症で酸素が減った気道に適応した可能性
  • 「菌の善し悪しは場所と量で決まる」

• 「悪循環」が起きている可能性

  • 炎症が気道の酸素を減らす→乳酸菌が増える→乳酸菌が炎症タンパク質を誘導→さらに炎症が強まる
  • 気管支拡張症で知られる「vicious cycle（悪循環）」と同じ仕組みがロングコロナでも起きている可能性
  • この悪循環を断ち切るのが治療の標的になるかもしれない

• 「腸-肺軸」の証拠

  • 消化器症状がある人の痰に、本来は腸にいるはずのBifidobacteriumがキーストーン菌になっていた
  • 「腸のバリアが壊れて（リーキーガット）、腸の菌が肺に迷い込んだ」可能性
  • あるいは逆流と微小誤嚥で口から入った可能性
  • いずれにせよ「腸の不調が肺の不調に直結している」ことを示唆

• 「口-脳軸」も示唆

  • 神経認知症状がある人で口の細菌叢が変わっていた
  • ただし炎症タンパク質との相関は見られなかった
  • 炎症を介さない別の経路（神経経路や代謝物質）で口の細菌が脳に影響する可能性

• Neisseriaの減少が重要なシグナル

  • Neisseriaは急性コロナでも減ることが報告されており、回復後も減ったままだと重症化しやすい
  • Neisseriaの減少はTCAサイクル（エネルギー代謝）の枯渇と関連——細菌の代謝も変わっている
  • 「Neisseriaが戻るかどうか」が回復のバロメーターになるかもしれない

• ロングコロナは「気道の生態系の破綻」でもある

  • ウイルスだけでなく、ウイルスが引き起こした細菌叢の変化も症状を持続させている
  • 抗生物質だけでは解決しない——細菌叢そのものを回復させるアプローチが必要
  • プロバイオティクスやフェカールマイクロバイオータ移植の可能性もあるが、未検証

⚠️ 注意点

• 非コロナ対照群がない。一般の呼吸器疾患や入院でも同じことが起きる可能性があり、コロナ特有かどうかは断言できない
• ベースライン（感染前）の細菌叢データがない。もともと細菌叢が違っていた可能性を排除できない
• 退院後6ヶ月の1時点のみの評価。その後の変化は追跡していない
• 抗生物質の影響を完全には排除できない。入院中の抗生物質使用が細菌叢に影響した可能性。統計的に調整しているが完全ではない
• 属レベルの同定のみ。種レベルでの違いは分からない。同じ属でも種によって役割が違う可能性
• 痰サンプルは痰が出る人からのみ。痰が出る時点で呼吸器症状が重い可能性があり、選択バイアスがある
• 相関であり因果ではない。細菌叢の変化が症状の原因なのか結果なのかは分からない
• サンプルサイズにばらつきがある。口腔771人に対し痰327人。炎症タンパク質との相関分析は26〜101サンプルと少ない
• 入院患者中心のデータ。軽症のロングコロナには当てはまらない可能性
• 共起ネットワーク解析は仮説生成的。実際の相互作用を実験で確認したわけではない

🧩 一言で言うと

イギリスのPHOSP-COVID研究が、コロナ退院後6ヶ月の771人の口腔細菌叢と327人の痰細菌叢を分析した。症状が非常に重症な人ほど細菌の多様性が低く、キーストーン菌が「健康な気道の常在菌」から「乳酸菌（Lactobacillus、Limosilactobacillus、Bifidobacterium）」に置き換わっていた。この乳酸菌の増加は血中の20種類の炎症タンパク質と相関し、白血球の遊走やIL-6活性化の経路が過剰に現れていた。消化器症状がある人では痰に腸由来の菌が増え、神経認知症状がある人では口の細菌叢が変わっていた。炎症が細菌叢を変え、変化した細菌叢がさらに炎症を煽る「悪循環」が起きている可能性がある。ただし非コロナ対照群がなく、ベースラインデータもなく、相関であり因果ではないなどの限界がある。

📄 論文情報

• タイトル: Sputum and oral microbiota profiles are associated with long COVID severity and phenotype post-hospitalisation: a UK multicentre, prospective cohort study
• 著者: Daniela Alferes de Lima Headley, Hollian Richardson, Chandani Hennayake, et al. (PHOSP-COVID Collaborative Group)
• 掲載誌: European Respiratory Journal (2026)
• DOI: 10.1183/13993003.01162-2026

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